お使いになっている PHP の MySQL ライブラリのバージョン 5.5.27 が MySQL サーバのバージョン 5.1.47 と異なります。これは予期しない不具合を起こす可能性があります。

題のエラーが出て困ったお話（結果は凡ミス）
原因を確認するとphpMyadminのトップページ右上に表示されるソフトウェアバージョン（Source distribution）と
サーバにインストールされているMySQLのバージョンが一致していない
サーバのバージョンは5.5.27なのだがphpMyadminが誤認識をしてしまっている。

■phpMyadminトップ右上データベースサーバに表示される情報
サーバ: Localhost via UNIX socket
ソフトウェア: MySQL
ソフトウェアバージョン: 5.1.47 - Source distribution
プロトコルバージョン: 10
ユーザ: root@localhost
サーバの文字セット: UTF-8 Unicode (utf8)

■phpinfo()で確認したサーバ情報
mysql
Client API version 5.5.27

■mysqladmin -u root -p version　で確認したサーバ情報
Server version 5.5.27
Protocol version 10
Connection Localhost via UNIX socket
UNIX socket /var/lib/mysql/mysql.sock
Uptime: 8 sec

ライブラリのバージョンが古くてエラーが出るのはmysql.soを置換すれば解決するようなのだが
今回のような逆のパターンはWEB上にも全く情報がない。。

サーバの再起動繰り返しなにをやってもうんともスンとも。。。

と、重大なことに気づく

phpmyadminログアウト→ログイン

直った・・・