「PermitRootLogin」を「yes」もしくは「noにしていない」のにも関わらずSSHでrootログイン出来ない場合

さくらサーバだったらpsコマンドでプロセスの確認「ps ax | grep sshd」
以下の記述が出た場合は、SSH起動時にオプションが設定されており
コンフィグファイルよりも優先して「PermitRootLogin=no」の設定が有効になってしまっています

「-o PermitRootLogin=no -o Protocol=2,1」

その場合
# vi /etc/sysconfig/sshd

にて

#コメントアウトしましょう
#OPTIONS="-o PermitRootLogin=no -o Protocol=2,1"

再起動
/etc/init.d/sshd restart

これでOK!

ちなみに「rootログイン許可」は一般的には危険とされています
僕はケースバイケースだと思います